“记得你曾经拥有翅膀。”为了回应12000年前的感觉，一颗破碎的心连接在一起。当太阳、月亮和火星相遇时，将会演奏出新的联合旋律！江之岛是漂浮在湘南海上的一个小岛。在这片美丽而宁静的海滩上，有一所名为江之岛学园的私立学校。学校汇聚了全国各地的天才儿童，采用最新的设备为他们提供精英教育。 Sakko、Limiya 和 Toshi 被选为特殊强化班的学生，该班名为“元素”。他们被命令驾驶由情绪驱动的战斗机“矢量机器”，并被迫与神秘的入侵武器“神话中的野兽。”这样做。战斗中，萨科受到神秘幻象的引导，大声呼喊。 “行星融合！前进吧，Aquarion！”在反复轮回的最后，机械天翼Aquarion出现了。当神秘组织“宇宙蛋社”与大人的意图交织在一起时，肩负命运的少男少女们将不得不面对宇宙的真相……这是一个宏大的爱情神话，以一个人的感情和宇宙的生存为赌注。

「思い出して、翅（はね）があったころのことを」 　　1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。 　　太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！ 　　湘南の海に浮かぶ小島、江の島。 　　美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。 　　学園には、全国から優秀な子どもが集められ、 　　最新の機器を使った英才教育が施されていた。 　　特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、 　　感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、 　　謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。 　　戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。 　　「想星合体！　GO、アクエリオン！」 　　繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。 　　宿命を背負った少年少女は、 　　得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯す...